• Mùa bóng 2006: Hạng 6 và đoạt giải phong cách.
• Mùa bóng 2007: Hạng 10.
• Mùa bóng 2008: Hạng 6.
• Mùa bóng 2009: Hạng 8.
• Mùa bóng 2010: CLB đứng thứ 4 với 13 trận thắng, 4 trận hòa và 9 trận thua, ghi được 42 bàn thắng và để thủng lưới 42 bàn, đáng chú ý hơn là kể từ khi nghỉ World Cup 2010, CLB đã lột xác, sau khi thắng nhà đương kim vô địch là SHB Đà Nẵng với tỉ số 4-1, hòa TĐCS Đồng Tháp trên sân vận động Cao Lãnh với tỉ số 1-1. Sau đó thắng Sông Lam Nghệ An với tỉ số 4-2 trên sân vận động Vinh. Rồi đè bẹp cựu vô địch Becamex Bình Dương trên sân nhà với tỉ số 5-1. Chuỗi trận ấn tượng đó bị cắt bởi Lam Sơn Thanh Hóa khi bại trận trên Sân vận động Thanh Hóa với tỉ số 2-3. Ở vòng đấu cuối, nếu không chơi chủ quan trước một Hòa Phát Hà Nội đã chắc chắn trụ hạng, Khánh Hòa đã đứng thứ 3.
• Mùa bóng 2011: CLB xếp thứ 11 chung cuộc, ghi 28 bàn thắng để lọt lưới 34 bàn, giành được 32 điểm và được trụ hạng.

Trong suốt 7 năm thi đấu với mô hình bán chuyên nghiệp, đầu tháng 12 năm 2011, đề án thành lập Công ty Cổ phần Bóng đá Khánh Hòa đã được Ủy ban Nhân dân tỉnh Khánh Hòa thông qua, chuyển đổi hoàn toàn Câu lạc bộ bóng đá Khánh Hòa từ mô hình bán chuyên nghiệp sang mô hình chuyên nghiệp.

Tuy nhiên, sau khi kết thúc mùa giải 2012, do những khó khăn tài chính, các lãnh đạo Câu lạc bộ đã quyết định bán lại suất dự V-League 2013 cho Vicem Hải Phòng, cùng với nhiều cầu thủ của đội hình 1, chỉ giữ lại vài trụ cột cùng ban huấn luyện để bổ sung cho đội hình 2[2]. Các lãnh đội cũng quyết định rút lui không thi đầu tại giải hạng nhất mùa giải 2013 và dự kiến ngày 31 tháng 3 năm 2013, Tổng công ty Khánh Việt sẽ bàn giao đội bóng cho Sở Văn hóa -Thể thao-Du lịch Khánh Hòa quản lý.[3]